Kaitan antara bahasa Jepun dan bahasa Melayu telah dianggap sebagai sebuah kes yang menarik minat banyak pakar linguistik. Ada yang mengelompokkan bahasa Jepun dalam rumpun bahasa Austronesia berdasarkan beberapa kata-kata dan fonologi bahasa Jepun itu sendiri. Namun kebanyakan yang lain berpendapat bahasa Jepun (dan Korea) tergolong dalam rumpun Bahasa-bahasa Altaik kerana mirip dengan bahasa Mongol dan Bahasa Turki, namun perlu dimaklumkan bahawa rumpun Altai juga masih dipertikaikan.

Persamaan kosa kata

Beberapa kata daripada bahasa Jepun menyerupai kosa kata rumpun bahasa Austronesia:

Sono merupakan Bahasa Jawa dari sana atau itu.

Persamaan tatabahasa

Selain kosa kata, terdapat juga persamaan tatabahasa antara Bahasa Melayu dan Bahasa Jepun, contohnya

• Dalam bahasa Jepun, ka (か) digunakan pada akhir ayat bagi menandakan pertanyaan, ini menyerupai pengunaan kah dalam bahasa Melayu.
• Beberapa perkataan dalam bahasa Jepun boleh dijamakkan dengan menggandakan perkataan tersebut. Sebagai contoh ware (我) yang bererti saya, boleh dijamakkan menjadi ware-ware (我々) yang beerti kami, hito yang bermaksud orang dijamakkan sebagai hito-bito yang bererti setiap orang atau manusia. Kaedah pembentukan kata jamak sedemikian sangat menyerupai kaedah pembentukan kata jamak dalam bahasa Melayu (contoh: buah = buah-buahan, buku = buku-buku)